Hipmi Kota Mojokerto dipimpin oleh seorang Ketua Umum didampingi oleh Wakil Ketua Umum, Sekretaris Umum, Bendahara Umum dan 12 Ketua Bidang, Wasekum, Wabendum beserta para Kompartemen, Departemennya dan Anggotanya.

Kepengurusan BPC Hipmi Kota Mojokerto mempunyai periode waktu selama tiga tahun dalam masa kepengurusannya. Seorang Ketua Umum BPC Kota Mojokerto di pilih secara demokratis oleh seluruh anggota dan pengurus BPC Hipmi Kota Mojokerto

Hipmi juga Organisasi Kader sehingga seorang Ketua Umum BPC Hipmi Kota Mojokerto hanya bisa menjabat sebagai Ketua Umum satu kali periode saja.